Martín M. Morales se ha interesado particularmente en la historia religiosa en el período moderno, con especial atención a la historia de las misiones. En los últimos años se ha ocupado sobre la problemática de las escrituras jesuíticas y en particular de la producción historiográfica de la Compañía de Jesús.
Ha publicado los libros La Repoblación del valle del Duero. Laicos y Monjes en la España del siglo X, (PUG, Roma, 1992, pp 1-216); Los comienzos de las Reducciones de la provincia del Paraguay en relación con el Derecho Indiano y el Instituto de la Compañía de Jesús. Evolución y conflictos, (PUG, Roma, 1996, pp ii-402); La Librería Grande. El Fondo Antiguo de la Compañía de Jesús en Argentina, (Institutum Historicum Societatis Iesu, Roma, 2002, 1-176); A mis manos han llegado. Cartas de los PP. Generales a la Antigua Provincia del Paraguay, (1608-1639), (Madrid-Roma, 2005, 1*-613).